Литовсько-польський період
У 1442 році великий князь литовський Казимир IV Яґеллончик надав маєток Почаїв кременецькому війтові, а у 1451 — передав слузі Васькові Стрільцю. Згодом Почаїв належав панам Бережецьким, на початку 16 ст. — заможному українському шляхетному роду Гойських (Гостських).
У 1597 році вдова луцького земського судді Bасиля Гойського Ганна з Козинських заснувала у маєтку православний чоловічий Успенський монастир і виділила йому 10 волоків землі (бл. 200 га) та 6 сімей підданих, які по сусідству зі селом Почаїв (нині с. Старий Почаїв) започаткували нове поселення. Це монастирське село, відоме згодом під назвами Монастирська Юридика, Фундушова Юридика, Почаївська Юридика, Юридика, становить найдавнішу складову нинішнього міста Почаїв.
Поділи Речі Посполитої
За 3-м поділом Речі Посполитої (1795) територія Почаєва відійшла до Російської імперії. Спочатку Новий Почаїв належав до Дубенського повіту, під час наступного адміністративно-територіального розмежування — Кременецького повіту Волинської губернії.
У 1-й половині 19 ст. графи Ржищевські осадили по сусідству з Новим Почаєвом село Новий Тараж, або Рідкодуби (нині належить до Почаєва). У результаті селянської реформи 1861 містечко Новий Почаїв стало центром Почаївської волості. Наприкінці 19 ст. до цієї адміністративно-територіальної одиниці належало 22 населені пункти, об’єднані в 15 сільських громад. Переважна більшість населення містечка Новий Почаїв та сіл Юридика, Березина і Новий Тараж займалася сільським господарством, частина — торгівлею, дехто працював у майстернях Почаївської лаври. Із навчальних закладів на початку 20 ст. в Новому Почаєві — двокласова церковнопарафіяльна школа та школа грамоти.
Перша світова
24 серпня 1915 Новий Почаїв, який після початку 1-ї світової війни опинився в прифронтовій смузі, зайняли австро-угорські війська, влітку 1916 — російська армія під час т. зв. Брусиловського прориву.
Українська революція
Сусідній Крем’янець впродовж 1917—1920 рр. 7 разів переходив з рук у руки, а Українській державній владі підпорядковувався від початку 1918 до червня 1919 р. В лютому 1918 Новий Почаїв зайняли німецькі війська, у червні 1919 — більшовики, у серпні — 1919 — поляки, яких 26 липня 1920 знову витіснили більшовики, 8 вересня 1920 — польські війська.
В складі Другої Речі Посполитої
На початку 1930-х містечко Новий Почаїв поділений на 2 населених пункти — містечко Почаїв, де майже 2/3 населення — євреї, і с. Новий Почаїв. Основне заняття — землеробство. 1920–1939 містечко — центр Почаївської ґміни Кременецького повіту, утворена в межах дореволюційної волості.
Подальші роки
У вересні 1939 територія Почаєва зайняла Червона Армія. На початку 1940 містечко отримало статус смт і стало центром новоутвореного Почаївського району. Почала виходити районна газета «Почаївська правда». На основі майстерень, відібраних у Почаївської лаври, створений райпромкомбінат.
30 червня 1941 Почаїв зайняли німецькі війська. За роки окупації гітлерівці знищили понад 2,5 тис. цивільних жителів. 20 березня 1944 у населений пункт вступили війська 1-го Українського фронту.
Наприкінці 1962 Почаїв втратив роль районного центру, але на розвитку поселення це мало позначилося. 1963 тут відкрили ПТУ, 1964 райпромкомбінат реорганізований у фабрику госппобуттоварів, 1966 один із її цехів перетворили на взуттєву фабрику (1981 реорганізовано у ВО «Іква»).
8 травня 1978 смт надали статус міста; міській раді підпорядкували села Старий Почаїв і Затишшя.
У 1990-ті підприємства звузили або згорнули діяльність.
